Ενδεικτικά, αναφέρεται, ότι εάν ο υπόχρεος/η στην αρχική δήλωση δεν έχει συμπληρώσει τους κωδικούς 049-050 των ηλεκτρονικών αποδείξεων μπορεί να τους συμπληρώσει στην τροποποιητική δήλωση αποφεύγοντας την πληρωμή έξτρα φόρου. Σε περίπτωση που πρέπει να τροποποιήσει στοιχεία που έχει συμπληρώσει στα έντυπα Ε2 ή και Ε3 θα πρέπει πρώτα να προχωρήσει στις αλλαγές αυτές και μετά να κάνει τις διορθώσεις στο έντυπο Ε1 της δήλωσης.

Να σημειωθεί ότι εφόσον ο φορολογούμενος/η υποβάλει τροποποιητική φορολογική δήλωση εντός της προθεσμίας υποβολής της αρχικής φορολογικής δήλωσης, τότε και η τροποποιητική φορολογική δήλωση επέχει θέση αρχικής δήλωσης και θεωρείται ότι και οι δύο, αρχική και τροποποιητική έχουν υποβληθεί εμπρόθεσμα. Αυτόματα, δε, γίνεται εκ νέου προσδιορισμός φόρου, ένεκα της τροποποιητικής δήλωσης, που επικαιροποιεί το τελικό οφειλόμενο ποσό.

Μάλιστα, σε περιπτώσεις εκπρόθεσμων δηλώσεων φυσικών προσώπων, δεν επιβάλλεται πρόστιμο, εφόσον ο φόρος που προκύπτει προς καταβολή, σε σχέση με την αρχική δήλωση, είναι έως εκατό ευρώ.

Αν το ποσό της διαφορά είναι υψηλότερο, τότε καταλογίζεται το αυτοτελές πρόστιμο συν οι προσαυξήσεις εκπρόθεσμης καταβολής (0,73% κάθε μήνα) επί της διαφοράς του φόρου.

Η κλίμακα προστίμων

Αναλυτικά, τα πρόστιμα προσδιορίζονται ως εξής:

Για μισθωτούς συνταξιούχους και γενικά μη επιχειρηματίες 100 ευρώ.

Εάν ο φορολογούμενος είναι επιχειρηματίας ή ελεύθερος επαγγελματίας θα χρεωθεί με πρόστιμο 250 ευρώ αν τηρεί απλογραφικά βιβλία ή 500 ευρώ αν τηρεί διπλογραφικά βιβλία.

Χωρίς πρόστιμο

Υπάρχουν, βέβαια, και άλλες περιπτώσεις, πέρα από την προαναφερθείσα, που δεν υποβάλλονται τα διοικητικά πρόστιμα, των 100, 250 και 500 ευρώ, ακόμη και αν οι τροποποιητικές υποβληθούν μετά τη λήξη της προθεσμίας υποβολής των φορολογικών δηλώσεων. Αφορούν:

• Σε περίπτωση εκπρόθεσμης τροποποιητικής δήλωσης φορολογίας εισοδήματος λόγω καθυστερημένης από τον εργοδότη έκδοσης βεβαίωσης αποδοχών, αν ο μισθωτός υποβάλλει τροποποιητική δήλωση εντός του έτους του οποίου εκδόθηκε η βεβαίωση

• Σε περίπτωση εκπρόθεσμης τροποποιητικής δήλωσης, που αφορά σε διόρθωση στοιχείων προστατευόμενου μέλους.

• Σε περίπτωση εκπρόθεσμων τροποποιητικών δηλώσεων φορολογίας εισοδήματος για διόρθωση λανθασμένου Α.Μ.Κ.Α.

• Σε περιπτώσεις εκπρόθεσμων τροποποιητικών δηλώσεων εισοδήματος λόγω καθυστέρησης έκδοσης βεβαίωσης από αρμόδιο φορέα (όχι μόνο εισοδήματος αλλά και άλλων στοιχείων όπως π.χ. τόκων κ.λπ).

• Σε περίπτωση εκπρόθεσμης τροποποιητικής δήλωσης εισοδήματος, που αφορά στη διαγραφή συζύγου μετά από διαζύγιο.

• Σε περίπτωση εκπρόθεσμης τροποποιητικής δήλωσης εισοδήματος για αλλαγή/συμπλήρωση λογαριασμού IBAN.

• Σε περίπτωση εκπρόθεσμης τροποποιητικής δήλωσης που αφορά σε “φιλοξενία” για φορολογικούς λόγους.

Πώς υποβάλλεται η τροποποιητική δήλωση;

Σημειώνεται, ότι,όπως προαναφέρθηκε για την περίπτωση υποβολής αποδείξεων, στην τροποποιητική δήλωση ο φορολογούμενος δεν παρεμβαίνει σε όλα τα πεδία της δήλωσης, αλλά συμπληρώνει μόνο τα σημεία εκείνα της αρχικής δήλωσης στα οποία υπάρχουν λάθη ή παραλείψεις.  

Επίσης, τα συνυποβαλλόμενα έντυπα Ε2 και Ε3 υποβάλλονται σε κάθε περίπτωση, έστω και αν δεν υπάρχει μεταβολή στα δεδομένα των εντύπων. Επιλέγει από την υποβολή τροποποιητικής το αντίστοιχο έντυπο, το σύστημα  εμφανίζει τα δεδομένα της αρχικής δήλωσης και μετά οριστικοποιεί  ή τροποποιεί ανάλογα. 

Το “αποτέλεσμα” της τροποποίησης

Όταν το  χρεωστικό αποτέλεσμα της τροποποιητικής δήλωσης είναι μικρότερο εκείνου της αρχικής δήλωσης,η διαφορά δημιουργεί πιστωτικό υπόλοιπο το οποίο εκκαθαρίζεται από τη ΔΟΥ σύμφωνα με τις οδηγίες της Φορολογικής Διοίκησης και τις σχετικές διαδικασίες ελέγχου. 

Όταν το πιστωτικό αποτέλεσμα είναι μικρότερο εκείνου της αρχικής δήλωσης,δημιουργείται ΕΙΔΙΚΟΣ ΧΡΗΜΑΤΙΚΟΣ ΚΑΤΑΛΟΓΟΣ με τη διαφορά, ο οποίος θα εμφανιστεί στην "προσωποποιημένη πληροφόρηση" και το πιστωτικό της αρχικής δήλωσης θα εκκαθαρίζεται από τη ΔΟΥ, σύμφωνα με τις οδηγίες της Φορολογικής Διοίκησης και τις σχετικές διαδικασίες ελέγχου, με ημερομηνία συμψηφισμού την ημερομηνία υποβολής της αρχικής δήλωσης (από την οποία προέκυψε).

Όταν η αρχική δήλωση είναι πιστωτική και η τροποποιητική δήλωση χρεωστική,δημιουργείται ταυτότητα οφειλής για το χρεωστικό ποσό της τροποποιητικής δήλωσης και ΕΙΔΙΚΟΣ ΧΡΗΜΑΤΙΚΟΣ ΚΑΤΑΛΟΓΟΣ για το πιστωτικό της αρχικής δήλωσης το οποίο θα εμφανίζεται στην "προσωποποιημένη πληροφόρηση".

Το πιστωτικό της αρχικής δήλωσης θα εκκαθαρίζεται από τη ΔΟΥ, σύμφωνα με τις οδηγίες της Φορολογικής Διοίκησης και τις σχετικές διαδικασίες ελέγχου, με ημερομηνία συμψηφισμού την ημερομηνία υποβολής της αρχικής δήλωσης (από την οποία προέκυψε).