Η προστασία της θαλάσσιας ζωής και του θαλάσσιου περιβάλλοντος είναι ένας ακόμη ρόλος του Πολεμικού Ναυτικού που μέχρι σήμερα δεν είχε γίνει ευρύτερα γνωστός. Ο πλοίαρχος και διευθυντής του Τρίτου (Γ') Κλάδου του Αρχηγείου Στολου, κ Βασίλειος Θεωδώρου εξηγεί στον ΣΚΑΙ και στο πλαίσιο της κοινής της εκστρατείας του ΣΚΑΙ, της WWF και της Greenpeace "H Θάλασσά μας":

Δύο σύγχρονες και πλήρως εξοπλισμένες γαλλικές φρεγάτες FREMM έρχονται στην Ελλάδα από την Γαλλία το καλοκαίρι μετά από συμφωνία Αθήνας και Παρισίων.

Την αρμοδιότητα της Υδρογραφικής Υπηρεσίας του Πολεμικού Ναυτικού να εκδίδει οδηγίες προς ναυτιλλόμενους (NAVTEX) για τα πλοία που κινούνται στο Αιγαίο επισημαίνει το Γενικό Επιτελείο Ναυτικού, απαντώντας σε τουρκική NAVTEX με την οποία υποστηριζόταν το αντίθετο.

Στο πλαίσιο της συνεργασίας του Πολεμικού Ναυτικού με τους φορείς του ευρύτερου Δημοσίου τομέα, από το Γενικό Επιτελείο Ναυτικού ανακοινώνεται ότι την Τρίτη 17 Μαΐου 2016, ο Αρχηγός του Γενικού Επιτελείου Ναυτικού Αντιναύαρχος Γεώργιος Γιακουμάκης ΠΝ και ο Πρόεδρος και Διευθύνων Σύμβουλος της Δημόσιας Επιχείρησης Ηλεκτρισμού (ΔΕΗ) κ. Εμμανουήλ Παναγιωτάκης, παρουσία του Αναπληρωτή Υπουργού Εθνικής Άμυνας κ. Δημήτριου Βίτσα, υπέγραψαν συμφωνία συνεργασίας μεταξύ του Πολεμικού Ναυτικού και της ΔΕΗ Α.Ε. επί εκπαιδευτικών, τεχνικών, τεχνολογικών, επιστημονικών και ερευνητικών θεμάτων.

Το Πολεμικό Ναυτικό συμμετέχει με 11 πλοία στις επιχειρήσεις διαχείρισης των προσφυγικών ροών στο Αιγαίο. Πρόκειται για 4 κανονιοφόρους, 2 πυραυλακάτους και 5 παράκτια περιπολικά.