Τον τύπο και το περιεχόμενο, καθώς και τον τρόπο και χρόνο υποβολής του ειδικού σημειώματος Αυτοελέγχου Φ.Π.Α. καθορίζει με εγκύκλιο του το υπουργείο Οικονομικών (ΠΟΛ 1098). Με την ίδια εγκύκλιο καθορίζεται, επίσης, ο τρόπος και χρόνος υποβολής της δήλωσης της διαφοράς των ακαθαρίστων εσόδων στις λοιπές φορολογίες, σύμφωνα με τις διατάξεις του ν.3296/2004, όπως τροποποιήθηκαν και ισχύουν με το άρθρο 79 του ν.3842/2010.