Ειδικότερα, σύμφωνα με το ΣτΕ, η υπουργική απόφαση αντιτίθεται:

-Στο άρθρο 16 του Συντάγματος το οποίο ορίζει ότι ότι η παιδεία αποτελεί βασική αποστολή του κράτους και μεταξύ των σκοπών της είναι η ανάπτυξη της εθνικής και θρησκευτικής συνείδησης. Με το πρόγραμμα σπουδών που εισάγεται για το Δημοτικό και το Γυμνάσιο «φαλκιδεύεται ο επιβαλλόμενος από τη συνταγματική αυτή διάταξη σκοπός της ανάπτυξης της Ορθόδοξης Χριστιανικής συνείδησης των μαθητών.

-Στο άρθρο 13 του Συντάγματος που κατοχυρώνει ως απαραβίαστη την ελευθερία της θρησκευτικής συνείδησης. Η υπουργική απόφαση, σύμφωνα με τους δικαστές, κλονίζει την Ορθόδοξη Χριστιανική συνείδηση που πριν από την έναρξη του σχολικού βίου διαμορφώνουν οι μαθητές το πλαίσιο του οικογενειακού τους περιβάλλοντος. Μάλιστα, επειδή τα παιδιά δεν διαθέτουν την κριτική αντίληψη των ενηλίκων μπορεί να εκτραπούν από την Ορθόδοξη συνείδηση, με την διδασκαλία που προτείνεται μέσω της υπουγικής απόφασης.

-Προσβάλλεται η ΕΣΔΑ (ευρωπαϊκή σύμβαση δικαιωμάτων του ανθρώπου) γιατί στερεί από τους μαθητές του Ορθόδοξου Χριστιανικού δόγματος το δικαίωμα να διδάσκονται αποκλειστικά τα δόγματα, τις ηθικές αξίες και τις παραδόσεις της Ανατολικής Ορθοδόξου Εκκλησίας του Χριστού.

Επίσης, οι Σύμβουλοι της Επικρατείας σημειώνουν ότι το πρόγραμμα σπουδών παρουσιάζει σοβαρές ελλείψεις ως προς το περιεχόμενο της Ορθόδοξης Χριστιανικής διδασκαλίας, καθώς:

α) Δεν γίνεται αναφορά στην Αγία Ομοούσιο και Αδιαίρετο Τριάδα την οποία επικαλούνται στην επικεφαλίδα τους όλα τα Ελληνικά Συντάγματα και

β) Στη Γ΄ τάξη του Δημοτικού ο Ιησούς Χριστός παρουσιάζεται ως ξένος, ως προσδοκώμενος Μεσσίας, ως δάσκαλος που όλοι θαυμάζουν, ως αγαπημένος φίλος, όχι όμως ως Σωτήρας του κόσμου.

Στο ανώτατο δικαστήριο είχαν προσφύγει, η Ιερά Μητρόπολη Πειραιά, ο Μητροπολίτης Πειραιώς Σεραφείμ Μεντζελοπουλος, η Εστία Πατερικών Μελετών, γονείς , καθώς και φορείς. Ζητούσαν την ακύρωση της υπουργικής απόφασης με την οποία όπως έλεγαν επέρχεται ριζική αλλαγή στο χαρακτήρα του μαθήματος των θρησκευτικών, αλλοιώνοντας «τον από ιδρύσεως του Ελληνικού κράτους μέχρι σήμερα ορθόδοξο χαρακτήρα του».