Η ΔΟΥ μεγάλων επιχειρήσεων θα είναι αρμόδια για τον έλεγχο των ανέλεγκτων υποθέσεων των επιχειρήσεων με τζίρο άνω των 30 εκατομμυρίων ευρώ, ενώ για υποθέσεις με ετήσια ακαθάριστα έσοδα έως 7 εκατ. ευρώ ο έλεγχος θα γίνεται από τις κατά τόπους εφορίες. Για τις υποθέσεις επιχειρήσεων με τζίρο από 7 εκατ ευρώ έως 30 εκατ. ευρώ την αρμοδιότητα του ελέγχου θα έχουν τα Διαπεριφερειακά Ελεγκτικά Κέντρα.

Τα παραπάνω προβλέπει εγκύκλιος του υπουργείου Οικονομικών, που καθορίζει τις αρμοδιότητες των φορολογικών ελέγχων ως εξής:

1. Στις ΔΟΥ όλης της επικράτειας, (εκτός της ΔΟΥ Μεγάλων Επιχειρήσεων), υπάγονται οι ανέλεγκτες υποθέσεις με ετήσια ακαθάριστα έσοδα ή αμοιβές έως 7.000.000 ευρώ, για τη διαχειριστική περίοδο που έκλεισε εντός του έτους 2009.

2. Στη ΔΟΥ Μεγάλων Επιχειρήσεων υπάγονται οι ανέλεγκτες υποθέσεις με ετήσια ακαθάριστα έσοδα άνω των 30.000.000 ευρώ για το οικονομικό έτος 2010. Ειδικά για τραπεζικές, ασφαλιστικές εταιρίες με μετοχές εισηγμένες στο Χρηματιστήριο Αθηνών, το όριο του προηγούμενου εδαφίου ορίζεται σε 10.000.000 ευρώ.

3. Στην αρμοδιότητα των Διαπεριφερειακών Ελεγκτικών Κέντρων (ΔΕΚ) υπάγονται οι ανέλεγκτες υποθέσεις με ετήσια ακαθάριστα έσοδα ή αμοιβές από 7.000.001 έως 30.000.000 ευρώ για τη διαχειριστική περίοδο που έκλεισε εντός του έτους 2009 καθώς και όλες οι ανέλεγκτες υποθέσεις των ίδιων επιτηδευματιών και φορολογουμένων, γενικά, που αφορούν προηγούμενες διαχειριστικές περιόδους, ανεξάρτητα από το ύψος των ετήσιων ακαθάριστων εσόδων καθώς και των υποθέσεων των ίδιων επιτηδευματιών και φορολογουμένων, γενικά, που αφορούν διαχειριστικές περιόδους που κλείνουν εντός του 2010.

4. Στη ΔΟΥ Μεγάλων Επιχειρήσεων υπάγεται η αρμοδιότητα διενέργειας οριστικού (τακτικού) φορολογικού ελέγχου των υποθέσεων των μητρικών επιχειρήσεων των συνδεδεμένων επιχειρήσεων που υποχρεούνται να καταρτίζουν ενοποιημένους λογαριασμούς (ενοποιημένες οικονομικές καταστάσεις), ανεξάρτητα από τη διαχειριστική περίοδο που αφορούν και το ύψος των ακαθάριστων εσόδων τους.

6. Στα Διαπεριφερειακά Ελεγκτικά Κέντρα υπάγεται ακόμα η αρμοδιότητα οριστικού τακτικού φορολογικού ελέγχου των υποθέσεων των επιχειρήσεων που αφορούν ανέλεγκτες χρήσεις πριν από οποιασδήποτε μορφής μετασχηματισμού (συγχώνευση, απορρόφηση, διάσπαση κλπ.) που έγινε μέχρι και το έτος 2009 ή γίνεται τα έτη 2010 και 2011, ανεξάρτητα από το ύψος των ακαθάριστων εσόδων τους.

8. Η αρμοδιότητα οριστικού φορολογικού ελέγχου των υποθέσεων φορολογίας πλοίων, καθώς και λοιπών φορολογιών που σχετίζονται με τις υποθέσεις αυτές παραμένει στις ΔΟΥ για ύψος ακαθάριστων εσόδων μέχρι 30.000.000 ευρώ για τη διαχειριστική περίοδο που έκλεισε εντός του έτους 2009. Για ύψος ακαθάριστων εσόδων μεγαλύτερο του ορίου αυτού αρμόδια για τον οριστικό (τακτικό) φορολογικό έλεγχο των υποθέσεων αυτών είναι η ΔΟΥ Πλοίων.

9. Τα Διαπεριφερειακά Ελεγκτικά Κέντρα είναι αρμόδια και για τον έλεγχο των υποθέσεων φορολογίας Μεγάλης Ακίνητης Περιουσίας ΦΜΑΠ .

10. Οι ΔΟΥ έχουν την αρμοδιότητα του ελέγχου των παραγωγικών επενδύσεων των επιχειρήσεων, που ανήκουν στην χωρική ή καθ' ύλην αρμοδιότητά τους.

11. Στις περιπτώσεις αλλαγής έδρας των επιτηδευματιών και φορολογουμένων, γενικά, μετά το κλείσιμο της διαχειριστικής περιόδου που έληξε εντός του έτους 2009, ο οριστικός (τακτικός) έλεγχος των υποθέσεών τους εξακολουθεί ν' ανήκει στην αρμοδιότητα του Ελεγκτικού Κέντρου, που είναι αρμόδιο σύμφωνα με τις διατάξεις της παρούσας, κατά το χρόνο κλεισίματος της ως άνω διαχειριστικής περιόδου.