Σύμφωνα με πληροφορίες στο Φανάρι υπάρχει ένα αίσθημα δυσφορίας, κυρίως επειδή δεν είχε ενημερωθεί από τον κ.Ιερώνυμο για τα ανακοινωθέντα.

Στο Οικουμενικό Πατριαρχείο υπάγονται τόσο η αυτοκέφαλη εκκλησία της Κρήτης, όσο και εκείνη των Δωδεκαννήσων, συνεπώς στο Φανάρι θεωρούν ότι θα έπρεπε να έχουν ενημερωθεί σχετικά.

Αντίθετα, υπάρχουν πολλά ερωτήματα σχετικά με το κατά πόσο και πως δεσμεύονται οι δύο αυτές εκκλησίες από τα όσα ανακοίνωσαν από κοινού πρωθυπουργός και αρχιεπίσκοπος.

Επιπλέον από το Φανάρι τίθεται το ερώτημα πώς θα γίνει η διαχείριση της περιουσίας των δύο εκκλησιών, αφού δεν υπάγονται στην δικαιοδοσία της Εκκλησίας της Ελλάδας.