Σύμφωνα με ρεπορτάζ του Ελεύθερου Τύπου, ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος κάλεσε την Ελληνίδα πρόξενο στην Κωνσταντινούπολη, Γεωργία Σουλτανοπούλου για εξηγήσεις, καθώς η ελληνική κυβέρνηση δεν ενημέρωσε το Φανάρι επισήμως για τις εξελίξεις και το περιεχόμενο της καταρχήν συμφωνίας.

Μία ημέρα μετά από την ανακοίνωση της συμφωνίας-Τσίπρα-Ιερώνυμου πηγές από το Φανάρι σημείωναν πως το προηγούμενο διάστημα δεν υπήρξε καμία ενημέρωση ούτε από την Εκκλησία της Ελλάδος, ούτε από την ελληνική κυβέρνηση για την επικείμενη συμφωνία. 
Σύμφωνα με τις ίδιες πηγές, το Οικουμενικό Πατριαρχείο θα περιμένει να δει τι περιλαμβάνει η επίμαχη συμφωνία, προκειμένου να αποφασίσει αν θα αντιδράσει ή όχι.

Σημειώνεται πάντως η «Πράξη του 1928», σύμφωνα με την οποία οι μητροπόλεις στις περιοχές που προσαρτήθηκαν στο ελληνικό κράτος μετά τους Βαλκανικούς Πολέμους (Ήπειρος, Μακεδονία, Θράκη, νησιά του Ανατολικού Αιγαίου και Δωδεκάνησα) εξακολουθούν να υπάγονται εκκλησιαστικώς στο Οικουμενικό Πατριαρχείο. Δηλαδή, οι συγκεκριμένες μητροπόλεις παραχωρήθηκαν από το Πατριαρχείο στην Εκκλησία της Ελλάδος για να διοικούνται σύμφωνα με τη Πατριαρχική και Συνοδική Πράξη του 1928