Στο νομικό πλαίσιο που διέπει τη λειτουργία και την οργάνωση της νέας υπηρεσίας, μεταξύ άλλων, προβλέπονται:
· Η σύσταση στον Ειδικό Γραμματέα Γραφείου επικοινωνίας και πληροφόρησης των πολιτών.
· Η δημιουργία Τμήματος εσωτερικού ελέγχου και επανελέγχου, ώστε να διασφαλίζεται η ακεραιότητα και η νομιμότητα στη δράση της ΥΠΕΕ.
· Η λειτουργία σε κεντρικό επίπεδο εξειδικευμένου τμήματος για τον έλεγχο του ηλεκτρονικού εμπορίου, το οποίο, σε συνδυασμό με την ανάπτυξη του εργαστηρίου αποκωδικοποίησης συστημάτων πληροφορικής, θα αποτελέσει την αιχμή του δόρατος στην αντιμετώπιση σύγχρονων μορφών παράνομων συναλλαγών και απατών που διενεργούνται με τη χρήση του διαδικτύου και των νέων τεχνολογιών, σε εθνικό και διεθνές επίπεδο.
· Η αναβάθμιση του οργανωτικού σχήματος με τη δημιουργία:
- Δύο νέων επιχειρησιακών διευθύνσεων με αντικείμενο τον έλεγχο στις επιδοτήσεις, τις χρηματοδοτήσεις, τις συναλλαγές μέσω του χρηματοπιστωτικού συστήματος και το ξέπλυμα χρήματος.
- Τεσσάρων υποδιευθύνσεων σε περιφερειακό επίπεδο
- Εξειδικευμένων τμημάτων ελέγχων προϊόντων με ειδικό φόρο κατανάλωσης, ελέγχων μεγάλων επιχειρήσεων και επεξεργασίας κατασχεμένων βιβλίων, στοιχείων και μέσων μεταφοράς δεδομένων.
- Ιδιαίτερο βάρος έχει δοθεί στην ποιοτική αναβάθμιση της ΥΠΕΕ, η οποία θα απασχολεί λιγότερο προσωπικό (1.500 περίπου άτομα) με αυξημένα τυπικά και ουσιαστικά προσόντα.