Μετά τη δολοφονία του προκατόχου του, προέδρου Ανουάρ Σαντάτ, στις 6 Οκτωβρίου 1981, έγινε ο 4ος Πρόεδρος της Αραβικής Δημοκρατίας της Αιγύπτου, και πρόεδρος του Εθνικού Δημοκρατικού Κόμματος της Αιγύπτου (NDP). Επανεξελέγη στις εκλογές του 1987, 1993, 1999 και 2005.
Σύμφωνα με το BBC, ο Μουμπάρακ έχει επιζήσει έξι συνολικά δολοφονικών επιθέσεων. Τον Ιούνιο του 1995 φέρεται να έλαβε χώρα μια δολοφονική απόπειρα με εμπλεκόμενη την ισλαμιστική οργάνωση Αλ-Γκαμάα αλ-Ισλαμίγια, ενώ ο πρόεδρος βρισκόταν στην Αιθιοπία για τη διάσκεψη κορυφής του Οργανισμού Αφρικανικής Ενότητας (σημερινής Αφρικανικής Ένωσης). Ακολούθησαν έρευνες για συλλήψεις ισλαμιστών. Το 1999 συνελήφθησαν 20.000 άτομα, τα οποία σχετίζονταν με επαναστατικές ισλαμικές οργανώσεις.
Κατά την περίοδο της προεδρίας του, το 1989, η Αίγυπτος έγινε ξανά δεκτή στους κόλπους του Αραβικού Συνδέσμου. Στον Πόλεμο στον Κόλπο το 1991, η Αίγυπτος τάχθηκε υπέρ του Κουβέιτ και έστειλε δυνάμεις εναντίον του Ιράκ. Σε αντάλλαγμα, οι ΗΠΑ, η Ευρώπη και τα κράτη του Περσικού Κόλπου χάρισαν στην Αίγυπτο χρέη ύψους περίπου 20 δισ. δολαρίων.
Η στάση του Μουμπάρακ άλλαξε στον δεύτερο πόλεμο του Ιράκ, το 2003. Ο Αιγύπτιος πρόεδρος τάχθηκε εναντίον της εισβολής στο Ιράκ, τονίζοντας ότι έπρεπε πρώτα να επιλυθεί η ισραηλινοπαλαιστινιακή σύγκρουση. Επίσης, ισχυρίστηκε ότι ο πόλεμος θα μπορούσε να γεννήσει "100 Μπιν Λάντεν".
Η κυβέρνηση του προέδρου Μουμπάρακ ενδιαφέρθηκε για την επίλυση του παλαιστινιακού. Το 2008 πέτυχε την κατάπαυση του πυρός ανάμεσα στο Ισραήλ και την Χαμάς.
Το 2009 η κυβέρνησή του απαγόρευσε την αντιπολεμική διάσκεψη στο Κάιρο, η οποία επέκρινε την έλλειψη ανάληψης δράσης εναντίον του Ισραήλ.
Η φυλάκιση και η αθώωση
Στις 2 Ιουνίου 2012 ο Μουμπάρακ καταδικάστηκε από αιγυπτιακό δικαστήριο σε ισόβια κάθειρξη για το θάνατο διαδηλωτών το 2011. Μετά το τέλος της δίκης, ο Μουμπάρακ αντιμετώπισε μια σειρά προβλημάτων υγείας και νοσηλευόταν σε στρατιωτικό νοσοκομείο.
Τον Νοέμβριο του 2014 το δικαστήριο, το οποίο εκδίκασε την έφεση κατά της πρωτοβάθμιας απόφασης, αθώωσε τελικά τον Μουμπάρακ από όλες τις κατηγορίες για τα γεγονότα. Στις 13 Ιανουαρίου 2015, με απόφαση του Εφετείου, ακυρώθηκε η μοναδική καταδίκη του Μουμπάρακ που είχε απομείνει, η φυλάκιση 3 ετών για υπεξαίρεση δημοσίου χρήματος.
Στις 4 Απριλίου ξεκίνησε η επαναληπτική δίκη του Μουμπάρακ για διαφθορά στο Εφετείο του Καΐρου. Έπειτα από την επαναληπτική δίκη, στις 9 Μαΐου 2015, ο Μουμπάρακ και οι γιοι του καταδικάστηκαν σε ποινές φυλάκισης.
Στις 2 Μαρτίου 2017, ο Μουμπάρακ αθωώθηκε από τις κατηγορίες για το θάνατο διαδηλωτών στις ταραχές του 2011 από το ανώτατο δικαστήριο της Αιγύπτου και απελευθερώθηκε στις 24 Μαρτίου μετά από έξι χρόνια κράτησης.
