Σύμφωνα με την Επιτροπή, με τη μη επεξεργασία των λυμάτων υπάρχει κίνδυνος για τους κατοίκους των περιοχών, καθώς τα ανεπεξέργαστα λύματα μπορούν να μολυνθούν από επιβλαβή βακτήρια και ιούς. Τα ανεπεξέργαστα λύματα περιέχουν επίσης θρεπτικά στοιχεία, όπως το άζωτο και το φώσφορο, τα οποία μπορούν να βλάψουν το θαλάσσιο περιβάλλον ευνοώντας την υπερβολική ανάπτυξη σε φύκια που πνίγουν άλλους ζώντες οργανισμούς. 

Σύμφωνα με την κοινοτική οδηγία για την επεξεργασία των αστικών λυμάτων (91/271/ΕΚ), οι πόλεις και οι κωμοπόλεις με πληθυσμό άνω των 15.000 κατοίκων οφείλουν να διαθέτουν αποχετευτικά δίκτυα για τη συλλογή των λυμάτων τους καθώς και εγκαταστάσεις δευτεροβάθμιας επεξεργασίας λυμάτων (δηλαδή βιολογικής επεξεργασίας), ώστε οι ρύποι να απομακρύνονται πριν από τη διοχέτευσή των λυμάτων στη θάλασσα ή στα γλυκά νερά.

    Η Επιτροπή υποστηρίζει ότι στην Ελλάδα, 24 πόλεις και κωμοπόλεις των 15.000 και άνω κατοίκων δεν διαθέτουν αποχετευτικά συστήματα και εγκαταστάσεις δευτεροβάθμιας επεξεργασίας. Πρόκειται συγκεκριμένα για την Αρτέμιδα, τη Ραφήνα, τη Νέα Μάκρη, το Κορωπί, το Μαρκόπουλο, τα Μέγαρα, τα Ν. Κυδωνιά, τα Μάλια, τη Χρυσούπολη, τον Γαλατά του Πόρου, την Τρίπολη, την Κατερίνη, την Πρέβεζα, το Λιτόχωρο, τη Ζάκυνθο, την Αλεξάνδρεια, την Λευκίμη, τη Ναύπακτο, την Ηγουμενίτσα, την τουριστική ζώνη της Θεσσαλονίκης, το Ηράκλειο, την Έδεσσα, την Κάλυμνο και την Παροικιά της Πάρου. Η Επιτροπή θεωρεί ότι επεξεργασία των λυμάτων δεν πραγματοποιείται στις εν λόγω πόλεις και κωμοπόλεις παρά το γεγονός ότι η Ελλάδα δικαιούται και έχει λάβει σημαντική κοινοτική χρηματοδότηση από τα Διαρθρωτικά Ταμεία και το Ταμείο Συνοχής για τη βελτίωση της περιβαλλοντικής υποδομής της.