Ο καθηγητής μιλώντας για την δολοφονία Φύσσα τη χαρακτήρισε χτύπημα της οργάνωσης και όχι του αυτουργού. «Είναι αδιάφορο ποιος είναι ο εκτελεστής. Έπρεπε να επιδειχθεί η ισχύς του κόμματος, της οργάνωσης».

Κατά την εκτίμηση του καθηγητή πέντε πρόσωπα είναι αυτά που έχουν καθοριστικό ρόλο στην λήψη αποφάσεων εντός της οργάνωσης: Οι Νίκος Μιχαλολιάκος , Ηλίας Κασιδιάρης, Χρήστος Παππάς , Ηλίας Παναγιώταρος και Γιάννης Λαγός κάτι που προκύπτει και από την «απίθανη προβολή τους στα ΜΜΕ» όπως είπε ο μάρτυρας. Κατά τον κ. Αλιβιζάτο η δομή της Χρυσής Αυγής κινείται με το σχήμα των ομόκεντρων κύκλων: «στον πρώτο κύκλο υπάρχει η ηγεσία, στον δεύτερο αυτοί που συμμετέχουν ενεργά, ο Ρουπακιάς, τα τάγματα εφόδου, και στον τρίτο κύκλο είναι οι οπαδοί, αυτοί που επιλέγουν στην κάλπη Χρυσή Αυγή».

Ο μάρτυρας τόνισε πως :«Η Χρυσή Αυγή ήθελε να μας κάνει να εθιστούμε στην καθημερινή χρήση βίας» και ανέφερε πως τα περιστατικά βίας αυξήθηκαν μετά το 2012, ίσως λόγω του «θάρρους που τους έδωσαν τα εκλογικά τους ποσοστά, της τάξης του 6-7%».

Ο κ. Αλιβιζάτος προκάλεσε την οργή συνηγόρων της υπεράσπισης όταν είπε στο δικαστήριο ότι η Χρυσή Αυγή δεν είναι χριστιανική και ότι η σχέση της με τον χριστιανισμό είναι «εξωτερική και όχι βαθύτερη». Συνέστησε μάλιστα στα μέλη της Χρυσής Αυγής να αντιληφθούν ότι ο Χριστιανισμός είναι θρησκεία αγάπης και «δεν ταιριάζει πολύ με πράξεις βίας». Παρά τις αντιδράσεις των συνηγόρων ο καθηγητής συνέχισε λέγοντας ότι «βάσει των κειμένων της Χρυσής Αυγής, ο Χριστιανισμός δεν είναι στοιχείο της ιδεολογίας της».